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「通过扣缴义务人申报」是把扣除信息提交给单位，单位每月预扣个税时直接扣除，当月工资就能少扣税；「综合所得年度自行申报」是不让单位掌握信息，平时照常扣税，等到次年 3—6 月汇算时一次性退税。两种方式全年应纳税额一致。两种方式在系统里可以随时切换，已填信息不会丢失。
收入来源单一、希望每月到手多一些的，选通过扣缴义务人申报；不愿让单位知道子女教育、房贷、赡养老人等家庭信息的，选自行申报。自由职业者、多处取得工资薪金的人，只能走年度自行申报。选择后如果改变主意，可在 APP 里撤销并重新选择，不影响已享受的扣除。
每年 12 月要对次年度的专项附加扣除信息进行确认，未确认的次年可能暂停扣除。当年漏填的可以在 3—6 月汇算时补报，也可以随时在 APP 里修改申报方式，改完后由单位在剩余月份补扣。注意确认操作要在 12 月 31 日前完成，逾期只能等汇算补报。
只需在 APP 里选择扣缴义务人并提交扣除信息，单位看到的是扣除项目和金额。子女教育、住房贷款等凭证由本人留存备查，一般不用向单位交原件。
不会。只是预扣阶段没有享受扣除，汇算时统一补扣并退税，全年应纳税额与另一种方式完全一致，区别只在拿到钱的时间，只是时间早晚。
在新单位重新指定扣缴义务人并提交扣除信息，否则新单位无法按月扣除。当年已扣除的部分由系统累计，汇算时自动衔接，否则可能重复或漏扣。